《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。

本剧是一部有思想、有文化品位、有艺术感染力的电视剧：它描写了徐悲鸿融会中西的绘画成就以及对中国美术教育的杰出贡献。同时对徐悲鸿一生的感情经历也有细腻的描写。本剧以徐悲鸿先生独特的文化人格和艺术追求再现历史，启迪今人！

　　蓬莱仙阁，烟笼雾锁，吕洞宾（石维坚 饰）、铁拐李（赵钱孙 饰）、何仙姑（田晓梅 饰）、汉钟离（铁牛 饰）、韩湘子（孙剑 饰）、蓝采和（杨健忠 饰）和张国老（袁之远 饰）七位神仙共聚一堂。席间，铁拐李提议将官宦曹国舅（王夫棠 饰）点化成仙，何仙姑因嫉恨富豪官吏而心生不悦，一场聚会不欢而散。　　被贬

1900年代，清未的北京。遭八国联军蹂躏过的京城，满目疮痍。立志推翻清帝统治的秋瑾（李秀明 饰）在友人资助下，东渡日本留学，寻求救国真理。她与徐锡麟（李志舆 饰）等击掌为盟，并结识了《警世钟》作者陈天华（陈希光 饰），身在异乡，巧遇知音，大家共同憧憬着祖国的未来。秋瑾等人的革命活动遭到日本当局的限制

1949年，国民党反动派悍然包围了中共驻重庆办事处，我办事处被迫撤回延安。在地下党的领导下，重庆工运、学运如火如荼；地下党编印的《挺进报》，在山城深入人心，令国民党政府惊恐不安。特务头子徐鹏飞，严醉派遣爪牙，打入重庆大学和我备用联络站沙坪坝书店，追查《挺进报》的线索，企图破获我重庆地下党组织。地下党

顾明道（王学兵 饰）是一名优秀的心外科大夫，某日，他遇见了一位名为丁凝夏（徐百卉 饰）的患者，丁凝夏所患的是极为复杂和严重的扩心病，唯有心肺联合移植手术才能够挽救她的性命，然而，这手术的难度之大，危险程度之高，使许多技术精湛的医生都望而却步，于是，顾明道想到了自己的竞争对手李肖一（李光洁 饰）。