20名学生周六留校，期间突然响起辐射污染报警铃声——这座小镇附近有一座大型化工厂，因此学校经常会组织疏散演习。学生们认为这次也是例行演习，于是在篮球教练的带领下躲进学校的放射性尘埃躲避所。但这次不是演习……警报解除之后，众人回到校园，却发现巨大的爆炸已经彻底摧毁整座小镇，校园大门外已经没有任何生命迹

不可思议的事情发生了······小马利亚失去了魔力！陆马、独角兽和飞马不再是朋友，如今只有同种族的小马才会待在一起。但理想主义的年轻陆马桑尼（凡妮莎·哈金斯配音）决心找到一种方法，让世界重新拥有魔法并变得像以前一样团结。她与性格开朗的独角兽伊兹（贵美子·格伦配音）一起前往遥远的国度，在那里她们遇到了

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。